Aplikacja

Na platformie mUQSA uruchomienie aplikacji lub modeli użytkownika jest możliwe jest poprzez dwa odrębne tryby: Preinstalled i Apptainer.

Tryb Preinstalled #

Tryb Preinstalled polega na ewaluacji aplikacji lub modeli preinstalowanych, tzn. takich które zostały uprzednio zainstalowane na klastrze przez administratora lub użytkownika.

Tryb Apptainer #

Tryb Apptainer opiera się na wykorzystaniu platformy kontenerowej Apptainer (znanej także jako Singularity), dostosowanej specjalnie do tworzenia i uruchamiania kontenerów zoptymalizowanych do zadań naukowych i badawczych. Kontenery stanowią lekkie, samowystarczalne środowiska, które pozwalają w hermetyczny sposób odizolować aplikację wraz z jej zależnościami od systemu operacyjnego, zapewniając przenośność i spójne wykonanie aplikacji na różnorodnych systemach komputerowych, w szczególności klastrach.

Pliki Definicji Apptainer #

Tworzenie obrazów Apptainer opiera się na wykorzystaniu pliku definicji (patrz Pliki definicji Apptainer). W kontekście mUQSA proces tworzenia obrazów Apptainer wymaga przestrzegania prostych wytycznych:

1. Obraz powinien wykorzystywać katalog oznaczony ścieżką /workdir, w którym aplikacja poddawana ewaluacji będzie uruchomienia. Zakłada się, że ten katalog będzie montowany z systemu hosta i bedzie wykorzystywany do wymiany danych między hostem i kontenerem.
2. Model użytkownika powinien być uruchamiany za pomocą sekcji %runscript, w katalogu /workdir, z wykorzystaniem argumentu $@ w celu umożliwienia dynamicznego przekazywania parametrów.

Oto ilustracyjny przykład pliku definicji Apptainer:

# Konfiguracja
Bootstrap: docker
From: python:3.11.4-alpine3.18

# '/projectile' do przechowywania modelu
# '/workdir' jako katalog roboczy
%setup
    mkdir -p ${SINGULARITY_ROOTFS}/projectile
    mkdir -p ${SINGULARITY_ROOTFS}/workdir

# skopiuj pliki do katalogu, w którym powinien być przechowywany model
%files
    projectile.py /projectile/projectile.py
    requirements.txt /projectile/requirements.txt

# Dodaj SDK i zainstaluj zależności modelu
%post
    apk add --update alpine-sdk
    pip install -r /projectile/requirements.txt

# Podczas uruchamiania kontenera: przejdź do katalogu roboczego i wywołaj model.
# Całą logika wykonania jest wykonywana w katalogu '/workdir'.
%runscript
    cd /workdir
    python3 /projectile/projectile.py "$@"

%help
    Example help.

Aby zbudować obraz na podstawie powyższego pliku, wykonaj poniższe polecenie:

# Zakładając, że powyższy plik definicji znajduje się w pliku `projectile.def`
apptainer build --fakeroot projectile.simg projectile.def

Spowoduje ono utworzenie pliku obrazu Apptainer o nazwie projectile.simg który może być następnie wykorzystywany w mUQSA.